סגן הפרקליט הצבאי ראשי (ס' הפצ"ר) מתאם ומכוון את עבודת מפקדת הפרקליט הצבאי הראשי, מרכז עבודת מטה בנושאים שונים ומנהל את ענייני הארגון, התקציבים וכוח האדם ביחידה. סגן הפצ"ר משמש כממלא מקומו של הפצ"ר בהעדרו.

סגן הפצ"ר מוציא לפועל סמכויות שהוקנו לו בחוק ובפקודות הצבא, וכן סמכויות הנתונות לפצ"ר והואצלו לסגן הפצ"ר בהתאם לסעיף 178א לחש"ץ, ובכלל זה:

• הסמכות להורות על ביטול כתב אישום לפי סעיף 308(א) לחש"ץ.
• הסמכות לבטל או להמיר פסק משמעתי לפי סעיף 168 לחש"ץ.
• הסמכות לאשר העלאה בדרגה למי שמתנהלת בעניינו חקירת מצ"ח לפי הפ"ע 3.0241.
• הסמכות להמליץ לנשיא המדינה על מתן חנינה למי שהורשע בבית דין צבאי, לפי פקודת מטכ"ל 33.0314.
• הסמכות להורות על הבאת משרת קבע בפני הוועדה המייעצת להתרת התחייבות, בגין חריגה מאמות המידה הנדרשות ממשרת קבע בדרגתו ובמעמדו, לפי הפ"ע 3.0501.