ככלל, הרשעה בבית דין צבאי גוררת אחריה רישום פלילי במשטרת ישראל. כמעט כל עבירה (ובכלל זאת עבירות של אלימות, גניבת, הוצאת רכוש או נשק מרשות הצבא, עבירות סמים ועבירת נפקדות) בה מורשע חייל גוררת רישום פלילי כאמור. לצד עבירות אלה קיימת רשימה קצרה של עבירות שהרשעה בהן לא תגרור רישום פלילי, ובכללן עבירת התנהגות שאינה הולמת, התנהגות מבישה, התרשלות ועבירת סירוב למסור דגימת שתן.

משמעותו של רישום פלילי זה היא ככל תיק פלילי שנפתח במשטרה, קרי, שהנאשם שהורשע כאמור, יהיה מנוע מקבלת "תעודת יושר", הנדרשת בעת קבלה לעבודה במקומות עבודה רבים, לא יוכל לקבל אישור נשיאת נשק ממשרד הפנים, לא יקבל ויזה לארה"ב, ולא יוכל לעסוק ברשימה ארוכה של מקצועות הדורשים גיליון פלילי נקי (כגון נהג מונית, מטווח, עורך-דין ועוד).

כיום תלויות ועומדות בכנסת מספר הצעות חקיקה, שנועדו להגמיש את הדין בעניין הרישום הפלילי וליתן בידי בתי הדין הצבאיים סמכות להרשיע נאשמים באופן שהרשעה זו לא תשא את כל התוצאות החמורות של רישום פלילי. הסנגוריה הצבאית משולבת בעבודת חקיקה זו, במטרה לוודא, כי פרטיה משמרים באורח מרבי ומיטבי את זכויות החיילים העומדים לדין בבתי הדין הצבאיים.