המעצר המנהלי נעשה על פי החלטה של רשות מנהלית ולא בהחלטת שופט ומכאן שמו של המעצר. תכלית המעצר המנהלי היא הגנה על בטחון האזור ושלום הציבור, והמעצר לא נועד להעניש על מעשים שבוצעו בעבר אלא למנוע פגיעה עתידית. בדרך כלל מבוסס המעצר המנהלי על ראיות חסויות, שהעצור לא יזכה לראותן. החיסיון נועד להגן על שיטות החקירה ואיסוף המידע של השלטון, על מנת לאפשר לו להמשיך ולהפעיל אותן, וכן לשמור על ביטחונם של מקורות מידע.

קיימת רתיעה במדינה דמוקרטית משימוש במעצר מנהלי, יחד עם זאת קיימם מצבים בהם השימוש בו הינו בבחינת הכרח בל יגונה, המצב באיו"ש הינו דוגמא מובהקת לכך: מצד אחד ארגוני הטרור המבקשים לבצע פיגועים קטלניים המהווים סכנה קיצונית לשלום הציבור ולביטחון, מצד שני המחבלים מאורגנות בחוליות ממודרות, זוכים לתמיכת האוכלוסייה הפלסטינית בשטחים, קשה מאוד לתפוס אותם וקשה להשיג ראיות שיאפשרו להעמיד אותם לדין פלילי.

המעצר המנהלי הינו הליך שיורי, דהיינו השימוש בו נעשה רק כאשר אין אפשרות אחרת לנטרל את הסכנה. כלומר, כאשר קיימות ראיות המאפשרות נקיטת הליך פלילי כגון: הגשת כתב אישום, מעצר עד תום הליכים ועונש מאסר- חלה חובה על הרשויות לנקוט בהליך הפלילי ולא במעצר המנהלי.  המעצר המנהלי באיו"ש נעשה מכוח תחיקת הביטחון שהוציא המפקד הצבאי והוא מעוגן במפורש באמנת ז'נבה הרביעית בדבר הגנת אזרחים בימי מלחמה.

על המעצר המינהלי קיימים מספר מנגנוני פיקוח והגבלות: תוקפו של צו מעצר מנהלי הינו, לכל היותר, לתקופה בת 6 חודשים. בתום תקופה זו, ניתן להוציא צו מעצר חדש, אשר מאריך את המעצר (אין חובה להתווספות או התעדכנות החומר). כל מעצר מנהלי חייב באישור שופט בביקורת שיפוטיתו וזאת תוך שמונה ימים לכל המאוחר. החלטת השופט ניתנת לערעור בפני ביהמ"ש הצבאי לערעורים. מעבר לכך ניתן לפנות לבג"צ (והדבר אף נעשה תכופות, על החלטות מעצר, וגם על החלטות שחרור). במהלך הדיונים העצורים מיוצגים ע"י עורכי דין. כמו כן, מועבר לעצורים ובאי כוחם כל החומר אשר ניתן לחשוף, וכן פרפרזות רחבות ככל האפשר מהחומר החסוי.