התביעה מנוהלת בידי פרקליטות אזור יהודה והשומרון. שכוננו לפי הצו בדבר הוראות בטחון. פרקליטות איו"ש כוללת את התביעה הצבאית ביהודה, התביעה הצבאית בשומרון, התביעה הצבאית לערעורים וכן את התביעה הצבאית לעניינים מנהליים .עד להתנתקות מרצועת עזה, בשנת 2005, כללה פרקליטות איו"ש אף את התביעה הצבאית ברצועת עזה.
חוליות התביעה באזור יהודה והשומרון מנהלות את ההליך הפלילי מתחילה ועד סוף. החוליות מנחות את גורמי החקירה, מגישות כתבי אישום ומנהלות הליכים פליליים בתיקים רבים שעניינם עבירות ביטחוניות הנוגעות לפעילות חבלנית עויינת. חלק מהתיקים נוגעים לפיגועים שתוכננו ובוצעו כנגד ישראל ואזרחיה, כפיגועי התאבדות, פיגועי ירי וחברות וקשירת קשר במסגרת ארגוני טרור. ההליך הפלילי מנוהל על פי סדרי דין המזכירים בשלביהם את ההליך הפלילי בישראל: פתיחת חקירה, הארכות מעצר, הגשת כתבי אישום, הארכות מעצר עד לתום ההליכים, ניהול משפטי הוכחות ואף ניהולם של הליכי ערעור.
בנוסף להליכים הנזכרים לעיל, מטופלות גם עבירות שונות הקשורות בהפרת סדר, יידוי אבנים, זריקת בקבוקי תבערה, שהייה בלתי חוקית ועבירות רכוש המצויות בתחומי הסמכות והעניין של המפקד הצבאי וכן בעבירות רבות נוספות במגוון רחב של תחומים.
מלאכת התביעה נעשית בשיתוף פעולה מלא עם משטרת ישראל וגופי ביטחון נוספים הפועלים באיזור, ולא אחת מלווה התביעה את החקירות המבוצעות על ידי גופים אלה מראשיתן.
בין התיקים הרגישים והמורכבים בהם מטפלות חוליות התביעה טיפלה החוליה בתיקים רבים של משלחי מחבלים מתאבדים (הפיגוע במלון פארק בנתניה, הפיגוע במירון, הפיגוע במועדון הסטייג'), בתיקים הנוגעים ללינצ' ברמאללה, בתיקים הנוגעים לפיגועים רצחניים בתחומי יישובים ישראליים באיו"ש ועוד. כמו כן, הועמדו לדין בבתי המשפט הצבאיים בכירים רבים בארגוני הטרור השונים הפועלים באזור. ניתן, לדוגמא, להזכיר את עניינו של אחמד סעדאת.
ניתן לראות כתבי אישום ופסקי דין מרכזיים שונים, אשר נוגעים ללב פעילותה של פרקליטות איו"ש בסייר המסמכים