בצבא הגנה לישראל קיימת מערכת שיפוט פנימית, נפרדת ממערכת השיפוט הכללית של מדינת ישראל.
מערכת השיפוט בצה"ל קיימת מכוח חוק השיפוט הצבאי, אשר נחקק על ידי הרשות המחוקקת של מדינת ישראל בשנת 1955. החוק קובע, בין השאר, הוראות ספציפיות לגבי ההרכב, הסמכות והפרוצדורה של בתי הדין הצבאיים וכן מסדיר את פעולתם של מוסדות החקירה וההעמדה לדין.

כמו כן, מעגן חוק השיפוט הצבאי שורה של עבירות צבאיות, אשר באות בגדר שיפוטם של בתי הדין הצבאיים בנוסף לכלל העבירות הפליליות, הקבועות בחוקי מדינת ישראל.השיקול העיקרי לטובת קיומה של מערכת משפט נפרדת בצה"ל מתייחס לאופיו הייחודי של הצבא, הכולל בחובו ערכים ייחודיים, בהם המשמעת הצבאית והרעות.

מאופיו המיוחד של הצבא נדרש גם, שהשופטים, המכריעים בשאלות העולות במסגרתו, יהיו אנשי צבא, המעורים בפעילותו והשותפים לערכיו הייחודיים ולצרכיו הנורמטיביים המיוחדים. הדבר מקבל חשיבות מוגברת מקום שהעניין, העומד על הפרק, כרוך במצבי לחץ, הכרוכים באימון או בפעילות מבצעית, וכן מקום שנדרשת המערכת השיפוטית לאזן בין צרכי הצבא לבין טוהר המידות שבו.

הנמקה נוספת לקיומה של מערכת משפט צבאית נפרדת היא מתחום היעילות. המערכת הצבאית מהירה ומתאימה יותר מרעותה האזרחית לניהול הליכים בהם מועמדים לדין החיילים, וזאת מבלי לפגוע באפשרויות ההגנה של הנאשם. ליעילות המערכת, מעבר לחשיבותה הציבורית, משמעות רבה לצה"ל כגוף הפועל בעיתות חירום.

מלאכת החקירה בצה"ל מתבצעת בידיהם של מוסדות חקירה מיוחדים, שונים ממוסדות החקירה של המערכת האזרחית. בצה"ל, מוסד החקירה העיקרי לקראת העמדה לדין הוא המשטרה הצבאית החוקרת )מצ"ח). מצ"ח היא יחידה עצמאית בעלת שרשרת פיקוד משלה, אשר אינה כפופה לפיקודי הצבא השונים. ההחלטה על פתיחת חקירת מצ"ח הינה בסמכות מפקד מצ"ח, הפרקליט הצבאי הראשי ואלוף הפיקוד, כל אחד על-פי שיקול דעתו העצמאי. כמו כן, קובעות פקודות הצבא רשימה של עבירות, המחייבות חקירת מצ"ח. בעבירות מינוריות, מתבצעות החקירות על ידי קצינים שאינם חוקרים. מעורבות גורמי חקירה אלה בהעמדה לדין הינה במתן המלצות, כאשר ההחלטה היא, בידי הפרקליט הצבאי.

תיקי החקירה מועברים לפרקליטות הצבאית - גוף המורכב מקצינים משפטנים, ותפקידו להחליט בדבר ההליכים המשפטיים בתיק. בהתאם לחומרת העבירה, מחליטה הפרקליטות הצבאית על הגשת כתב אישום לבית דין צבאי או על העברת התיק לשיפוט המשמעתי. השיפוט המשמעתי בצה"ל מוגבל לחלק קטן ופחות בחומרתו מן העבירות והעונשים האפשריים במשפט הפלילי. כך למשל, עונש שלילת החירות בשיפוט המשמעתי נע בין 7 ל - 70 יום, בהתאם לדרגתו של קצין השיפוט, ולעומתו, בית דין צבאי מוסמך לגזור על הנאשם את העונש המקסימאלי הקבוע בחוק לעבירה הנדונה.

סוגי בתי הדין
מערכת בתי הדין הצבאיים מונה 3 בתי דין צבאיים מחוזיים של הערכאה הראשונה, בהתאם לפיקודי הצבא: בי"ד הדרום ומפקדת זרוע היבשה במחנה בר-לב ליד קרית-מלאכי, בי"ד הצפון וחיל הים בחיפה, בי"ד המרכז, חיל האוויר, המטכ"ל ופיקוד העורף ב"בית הירוק" ביפו, וכן בית דין מיוחד, הדן באחריותם הפלילית של קצינים בדרגת סגן אלוף ומעלה ובעבירות שדינן מיתה.

זכות הערעור
יצוין כי על פסקי הדין במערכת הצבאית קיימת הזכות לערעור. על פסק דינו של בית דין צבאי מחוזי ניתן להגיש ערעור לבית הדין הצבאי לערעורים. זכות הערעור נתונה הן לתביעה והן לחייל הנאשם. מעבר לכך, על פסק דינו של בית הדין הצבאי לערעורים קיימת אפשרות נוספת לערער בפני בית המשפט העליון של מדינת ישראל, לאחר קבלת רשות מיוחדת. הרשות ניתנת, בדרך כלל, כאשר מתעוררת שאלה משפטית שיש בה חשיבות, קושי או חידוש.

מותב בית הדין
בתי הדין הצבאיים של הערכאה הראשונה דנים, בדרך כלל, בשלושה שופטים: אב בית הדין ושני שופטי צד.
אב בית הדין הוא שופט מקצועי, בעל השכלה משפטית וניסיון בתחום המשפט. הוא משתייך ליחידת בתי הדין הצבאיים ומתמנה ע"י נשיא מדינת ישראל, בתהליך הדומה לתהליך מינוי שופטים במערכת השיפוט במערכת השיפוט האזרחית במדינה.

שני שופטי הצד אינם שופטים מקצועיים ובדרך כלל אינם בעלי השכלה משפטית. אלה הם קצינים, המשרתים ביחידות המשתייכות למחוז שיפוטו של בית הדין ומזומנים למשפטים באופן אקראי.
פסקי הדין וההחלטות של בית הדין הצבאי ניתנות בדעת הרוב, כאשר משקלם דעתם של כל אחד מהשופטים זהה.

בית הדין הצבאי לערעורים דן, בדרך כלל, בהרכב של שלושה שופטים, שלפחות שניים מתוכם הם שופטים מקצועיים בעלי השכלה וניסיון משפטיים. רוב שופטי בית הדין הצבאי לערעורים הם בעלי ניסיון בשיפוט בבתי הדין הצבאיים של הערכאה הראשונה.

בתי הדין הצבאיים מוסמכים לשפוט את כל חיילי צה"ל, בשירות סדיר ומילואים, בגין כל עבירה לפי חוקי מדינת ישראל. מדובר בסמכות פרסונלית, אשר חלה כלפי אנשי הצבא בעבירות שבוצעו בכל מקום בעולם, בעתות שלום ומלחמה. בעבירות שאינן צבאיות, קיימת סמכות שיפוט מקבילה לבתי הדין הצבאיים ולבתי המשפט במערכת האזרחית. במקרים אלה, מסגרת ההעמדה לדין היא בשיקול דעתה של הפרקליטות הצבאית, והיא נקבעת ע"פ מידת הזיקה שבין העבירה לבין השירות הצבאי.

בעבירות מסוימות מוסמכים בתי הדין הצבאיים לשפוט גם נאשמים שאינם נמצאים בשירות, כגון - אלה העובדים במערכת הצבאית על פי חוזה עבודה, אלה אשר קיבלו נשק מטעם הצבא ואלה אשר נמנים עם מערך המילואים, אולם אינם נמצאים בשירות בזמן המשפט.

הליך השיפוט בבית הדין הצבאי מתחיל מהגשת כתב אישום בהוראת פרקליט צבאי - קצין בכיר בפרקליטות הצבאית. כתב האישום מובא לידיעת הנאשם, ובו בזמן הוא מיודע על זכותו לייצוג משפטי מקצועי במהלך המשפט. כל נאשם בבית הדין הצבאי, להוציא משפטי תעבורה, זכאי לייצוג חינם מטעם הסנגוריה הצבאית; נאשם אשר אינו מעוניין בשירותי הסנגוריה הצבאית, רשאי לשכור עורך דין אחר, בעל אישור להופיע בבתי הדין הצבאיים.