פעילותו המבצעית של צה"ל בעימות המזוין המתנהל עם שלטון החמא"ס ברצועת עזה כפופה לתחולתם של דיני הלחימה.
הדבר נכון אף ביחס לפעולות הננקטות במרחב הימי הסמוך לחופי הרצועה, ובכלל זאת, להטלת הסגר הימי ולאכיפתו, המבוססים על סמכויות מכוח דיני הלחימה בים.
מכאן, שטענות הנוגעות לפעילות צה"ל במסגרת אירוע המשט אמורות היו – מן הבחינה העקרונית – להיבחן במסגרת תחקיר מבצעי, בטרם ההחלטה על פתיחה בחקירת מצ"ח בעניינן, אלא אם כן מדובר במקרים החריגים, בהם עצם התוצאה שאירעה מעוררת חשד לפעילות פלילית.
באשר לטענות על מותם של תשעה אזרחים ופציעתם של עשרות במהלך השתלטות כוח צה"ל על הספינה "מאווי מרמרה", יצוין כי הן מהוות – במובנים רבים – "מקרה ביניים" ייחודי לעניין אופן יישומה של מדיניות החקירות.
מצד אחד, הכוחות שביצעו את פעולת ההשתלטות הונחו להימנע, ככל הניתן, משימוש בכוח קטלני, ואף צוידו לצורך זה בכלי נשק פחות קטלניים (נפ"ק). מכאן, שמנקודת המבט של לפני המבצע (ex ante), מקרה מוות של אזרח, לא כל שכן מותם של תשעה, לא היה צפוי, והתרחשותו נחזה כאירוע חריג.
מאידך גיסא, עם תחילת ההשתלטות התברר כי מצב הדברים שונה בתכלית, וכי כוח צה"ל שהונחת על הספינה לצורך השתלטות עליה נתקל במארב מתוכנן של פעילים אלימים, מאורגנים וחמושים, כך שחבריו עמדו, על פני הדברים, בפני סכנת חיים מוחשית ומיידית.
במסגרת בחינת הצורך בקיומה של חקירת מצ"ח מיידית באשר לנסיבות מותם ופציעתם של נוסעי האונייה במהלך ההשתלטות נלקחה בחשבון העובדה שהאירוע נחקר, במקביל, על ידי משטרת ישראל (בקשר לעבירות לכאורה של משתתפי המשט), דבר אשר הבטיח את שימור הממצאים הפיסיים שנמצאו בספינה, כמו גם את גביית עדויותיהם של הנוסעים, מהן עשויים היו לעלות חשדות לביצוע עבירות פליליות מצד החיילים, ככל שהיו כאלה.
כמו כן, לאור מורכבותו ורגישותו הרבה של האירוע ברמה הצבאית והמדינית, החליט הרמטכ"ל – זמן קצר לאחר התרחשותו – למנות צוות, בראשותו של אלוף (מיל') גיורא איילנד, לבדוק את האירוע במסגרת "תחקיר מומחים". בדיקה באמצעות תחקיר מבצעי הינה דרך מהירה ויעילה לקבל את תמונת המצב העובדתית המלאה ביותר האפשרית לגבי אירועים מבצעיים. קיומה איננו חוסם את הדרך בפני עריכת חקירה פלילית, במידה שממצאי התחקיר מעוררים חשד לביצועה של פעילות בלתי חוקית.
לאור מכלול השיקולים האמורים, הוחלט כי הטענות הנוגעות למותם ולפציעתם של נוסעים על ספינת ה-"מאווי מרמרה" במהלך השתלטות כוח צה"ל על הספינה ייבחנו במסגרת "תחקיר המומחים" הנ"ל, וכי הצורך בקיום חקירה פלילית לעניין זה יישקל לאחר השלמת התחקיר והעברתו לעיון הפצ"ר.